בציווי ללקיחת התרומה למשכן נאמר: "דבר אל בני ישראל ויקחו לי תרומה " (שמות כה,ב). מעיר שם רש"י: "ויקחו לי תרומה - לי לשמי", ומסביר השפתי חכמים את דבריו הקצרים: "דהא כל דבר שבעולם שלו הוא". משמעות הדבר היא שאין הקב"ה צריך לומר שמשהו יהיה שלו (כינוי הקניין), שהרי ממילא כל הארץ היא שלו. אלא הוא ציוה לקחת עצים וזהב שיהיו לשמו (ועיין מה שכתבתי בפרשת יתרו על "כי לי כל הארץ", שהארץ תהא בשביל הקב"ה - שתעשה את רצונו).
הקב"ה מצווה את בני ישראל להרים תרומה מעצים, בדים, כסף, זהב וכו', ומטרת אסיפת החומרים נאמרה מיד: "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם" (שמות כה, ח). שוב מעיר שם רש"י: "ועשו לי מקדש - ועשו לשמי בית קדושה".
המשכן הוא לשמו של הקב"ה והוא בשבילו. בעצם מטרתו היא שהארץ תהא בשבילו, היינו "כי לי כל הארץ". אלא צריך לנסות להבין איך עצים, מתכות, עורות ובדים יוכלו לסייע לעניין הזה.
מסביר רבי יהודה הלוי, בספר הכוזרי (במאמר ב, פסקה כו), איך המשכן החומרי מהוה התגלות האלוקות בעולם הזה, כהופעת שכינה, כפי שנאמר בפסוק "ושכנתי בתוכם": "וקח לך כמשל לעניין האלוקי את הנפש המדברת השוכנת בגוף טבעי בהמי, גוף כזה ואחר שנשתוו כֹחותיו הטבעיים וסודרו כוחותיו הנפשיים הראשיים והמשועבדים להם, סידור אשר הכינו לקראת מצב שלמעלה ממצב הבהמות, נעשה ראוי לשכן בו השכל כמלך להורותו ולהדריכו ולהיות עמו כל עוד יתמיד הסדר ההוא". רבי יהודה הלוי ממשיל את חיבור האלוקות למשכן לחיבור השכל  אל  הגוף - כאשר הגוף, בנוי בצורה נכונה, בסידור החומרי שלו, יכול השכל להתחבר אליו, אך "כאשר יפרע הסדר, יפרד השכל ממנו".
משמעות דבריו היא שגם ההתגלות האלוקית בעולם, הופעת השכינה, תהא בצורה כזו שבני ישראל יסדרו עצים ומתכות בסדר אלוקי מדויק ודרכו תופיע השכינה.
אלא שאין העצים והמתכות סוף דבר - כתוב "ושכנתי בתוכם", ולא "בתוכו". אומר על זה המלבי"ם שכל יהודי ויהודי הוא ניצוץ פרטי: "הם מאורי אור נאצלות מזיו האלהות וחלק אלוה ממעל בכ"ז כל נפש ונפש היא רק ניצוץ קטן מהמון הרוחניות האלוהיות". אך העיקר בישראל הוא הסידור, ההופעה הכללית, כפי שמסביר המלבי"ם, שבתור אנשים פרטיים אין בני ישראל יכולים להיות מרכבה לשכינה הכללית הצריכה להתגלות דווקא ע"י כלל ישראל. מכאן אנו באים למשכן המאגד את כל הנשמות הפרטיות לנשמה אחת גדולה שהיא המרכבה לשכינה בעולם: "וזאת הייתה הכוונה במלאכת המשכן והמקדש אשר נבנה אחרי זה בירושלים, בעיר שחוברה לה יחדיו, שם נתאחדו כל נפשות האומה הישראלית ויעמדו כאיש אחד פרטי הכולל בנפשו כל ההארות והרוחניות הנמצא בזוהר האלוקי המאיר לעולם כולו בכבודו, באשר אליו יפנו וינהרו מכל מקומות פזוריהם ובכל תפילותיהם ומעשיהם בקודש דרך הנה פניהם, כמ"ש (פ"ד דברכות) 'העומד במזרח מחזיר פניו למערב וכו'' נמצא כל ישראל מכוונים לבם למקום אחד, ונשלם בזה הקומה השלמה הנפשית המתייחסת לקומה הרוחנית אשר משם אצילות נשמותיהן. ועל זה אמר 'ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם', רצה לומר בתוך נשמותיהם שהתאחדו במקדש הזה לקומה שלמה וגויה כוללת".
מוסיף עוד המלבי"ם שמצב זה של גילוי השכינה הוא זהה למדריגת גילוי השכינה שהייתה אצל משה רבנו: "ובאשר משה רבינו עליו השלום היה שקול כשישים ריבוא, ובנפשו היו כלולים כל האורות הנקבצות בקבוץ כלל ישראל אשר התאחדו בבית המקדש, והוא עצמו היה גם כן מקדש כולל, שבו שכן המלך הכבוד בכבודו ובאורותיו".
נמצאנו למדים, על פי הכוזרי ודברי המלבי"ם, שעל ידי המשכן (והמקדש) והסדר האלוקי המדויק שבו, מתאחדות כל נשמות ישראל להיות מרכבת השכינה בעולם.
נוסיף על כך את דברי הרמב"ן (בתחילת פירושו על פרשת תרומה) האומר שהמשכן נועד להיות מקום התגלות השכינה במדריגה העליונה של מתן תורה בהר סיני, שהיה שיא התגלות השכינה, בו עם שלם התנבא ושמע את דבר ה' וגם כל העולם כולו נזדעזע מהופעה זו. המשכן מיועד לאפשר הופעת שכינה במדריגה זו, בצורה נסתרת, כלשון הרמב"ן: "וסוד המשכן הוא שיהיה הכבוד אשר שכן על הר סיני שוכן עליו בנסתר, וכמו שנאמר שם 'וישכון כבוד ה' על הר סיני' וכתיב 'הן הראני ה' אלהינו את כבודו ואת גדלו', וכן כתיב במשכן וכבוד ה' מלא את המשכן. והזכיר במשכן שני פעמים 'וכבוד ה' מלא את המשכן' כנגד 'את כבודו ואת גודלו', והיה במשכן תמיד עם ישראל הכבוד שנראה להם בהר סיני".
גילוי השכינה איננו רק הנאה רוחנית הבאה מהתחברות האלוקות לעולם, אלא הוא עצם חייו של העולם, כפי שמסביר המהר"ל (בגבורות ה פרק ה עמ' נא) בדברו על בית המקדש והתורה: "כי כמו שבאדם הלב והמוח, עיקר האדם, הלב שממנו החיות והמוח ששם השכל, כך בכלל העולם, בית המקדש והתורה עיקר מציאות העולם. וכמו שהלב הוא באמצע האדם וממנו מקבלים חיות ושפע כל האברים, כך בית המקדש באמצע העולם, ממנו מקבלים כל הארצות חיות ושפע". ומוסיף עוד המהר"ל: "בית המקדש הוא בארץ והוא שלימות העולם הגשמי".